Desde el año 1944, los Hermanos de La Salle vienen prestando su servicio en la docencia a las clases más necesitadas de Antequera, promovido por la Fundación Muñoz Rojas-San Francisco Javier, en el Colegio de la calle Carrera y en la década de los 60 surge la iniciativa de crear un nuevo centro escolar. El cambio del sistema educativo, la demanda de las familias antequeranas y la propia infraestructura industrial de la ciudad, lleva a pensar a los Hermanos, conjuntamente con la Fundación Muñoz Rojas, en crear en Antequera un Centro de Formación Profesional, ya que el Bachillerato Laboral en la modalidad Industrial y Minera, que se viene impartiendo en el Colegio de C/ Carrera, se va a extinguir en el curso 1970-1971. Se ponen en marcha una serie de negociaciones y trámites legales, y se ejecuta lo expresado en el testamento de Dña. Mª Dolores Muñoz Velasco, decidiendo construir el Centro de Formación Profesional en la finca de «La Virlecha».
Entre Hermanos y Fundación, nace una ilusión que pronto va a ser realidad y durante los años 1967 y 1968, se construye un gran pabellón en dos plantas destinado a aulas y laboratorios y separado por una zona ajardinada y unida al mismo tiempo por dos grandes porches. Otro pabellón en una sola planta, que alberga los talleres. El aspecto económico fue soportado en parte con la subvención que concedió el Ministerio de Educación y Ciencia con cargo al Segundo Plan de Desarrollo y el resto por la Fundación Muñoz Rojas–Muñoz Velasco. El día 3 de noviembre de 1968, el Centro de Formación Profesional San Francisco Javier–La Salle «Virlecha», Fundación Muñoz Rojas–Muñoz Velasco, abre por primera vez sus puertas POR Y PARA ANTEQUERA Y SU COMARCA, con el único legado que San Juan Bautista de La Salle nos dejó: «atender a los más necesitados».
Comienzan las clases con 30 alumnos en Oficialía en las ramas de Electricidad y Metal, y 120 alumnos de Bachillerato Laboral distribuidos en cuatro grupos. En los primeros años de rodaje, el Centro es homologado por el Ministerio de Trabajo, en septiembre de 1969, para impartir enseñanzas de Formación Ocupacional. Marca un hito nuestro proceso evolutivo académico en el curso 1973-74, cuando después de largas gestiones realizadas se implanta en el Colegio el Grado de Maestría Industrial. Con la reforma del Sistema Educativo, prevista para el año 1975, y en concreto el de la Formación Profesional, los niveles de Oficialía y Maestría pasan a Formación Profesional de 1.º y 2.º Grado respectivamente.
En el curso académico 1978-1979, el Centro se transforma en mixto, al realizar la matrícula en la Rama de Delineación, curso 1.º FP I, tres alumnas. A comienzos de la década de los noventa nuestro centro se adapta a una nueva Reforma de la Enseñanza con la LOGSE, en el curso 1996-1997 se gradúan los primeros alumnos y alumnas de bachillerato LOGSE en las especialidades de Ciencias Sociales, Ciencias de la Salud y Tecnológico. Es además en estos años donde se configura la estructura actual del Centro, con los cursos de ESO, los Bachilleratos antes mencionados, los Ciclos Formativos de Grado Medio de las familias de: Electricidad, Electromecánica, Carrocería y Comercio; además de los Ciclos Formativos de Grado Superior en Construcción y Gestión Comercial y Marketing.
A lo largo de estos cursos la oferta educativa se ha ido adaptando a la legislación actual y a la oferta de empleo en los distintos sectores productivos de Antequera y comarca ampliando la oferta educativa con el Ciclo Formativo de Grado Superior de Automoción. A partir del curso 1997-1998 el Colegio actualiza su funcionamiento desde la filosofía de Gestión de la Calidad. Es a partir de este curso cuando se marca un referente en lo que a implantación de Sistemas de Gestión de la Calidad en Centros Educativos se refiere. En el año 2001 se reconoce nuestro trabajo con una Mención Especial a la Gestión de los Recursos en el II Premio Andaluz a la Excelencia Empresarial (primer centro educativo andaluz en obtener este reconocimiento), y en el 2002 el Premio Nacional a las Actuaciones de Calidad en Educación. Además, desde el curso 2004-2005 el centro está certificado según las Normas UNE-EN-ISO 9001: 2000 (hoy UNE-EN-ISO-9001:2015) que acreditan nuestro saber hacer en la Gestión de la Calidad. En el curso 2012-2013 se implanta el programa de Gestión Cooperativa del Aprendizaje, primero en ESO y posteriormente se irá implantando en el resto de etapas y niveles, suponiendo éste un nuevo hito en la continua adaptación del Colegio a las nuevas necesidades. Actualmente el Centro está inmerso en una nueva transformación pedagógica con la implantación en Ciclos Formativos de la Formación Profesional Dual y la FCT en Europa (Erasmus+) y en ESO con la implantación del programa sobre Nuevos Contextos de Aprendizaje (NCA).